Emeviler Dönemi’nde (661-750), Araplar Türk illerine sık sık akınlar düzenlemişlerdir. Ancak bu seferler düzenli ve planlı şekilde gerçekleştirilmemiştir. Bu akınlar, Ziyat bin Ebihi’nin Basra valisi atanmasına kadar sürmüştür. Ziyat vali olur olmaz iç işlerini düzene sokmuş ve Horasan üzerinden gerçekleştireceği fetihler için bir yol haritası belirlemiştir. Bu amaçla Horasan’da yeni ordugâhlar kurmuş ve 671 yılında Kûfe ile Basra’dan yaklaşık elli bin kişiyi getirerek merkezi Merv olan yeni bir yerleşim oluşturarak Herat, Nişapur ve Belh’e yerleştirmiştir. Böylece Türkistan’a karşı yapılacak fetihlerin ana merkezini oluşturan Horasan vilayeti kurulmuştur. Ziyat bin Ebihi’nin vefatından sonra Horasan vilayeti bağımsız bir yapıya kavuşmuş ve oğlu Ubeydullah bin Ziyat vali olarak atanmıştır. O da babasının fetih politikasını devam ettirmiştir. Horasan’dan gerçekleştirilen akınlarla Aşağı Türkistan’daki Türk şehirlerinden Beykent ve Tirmiz fethedilmiş, Buhara ve Semerkand da yıllık vergi ödemeye zorlanmıştır.
705 yılında Horasan valisi olarak atanan Kuteybe bin Müslim, Aşağı Türkistan’ın tamamını ele geçirmeyi hedefleyen büyük bir askeri harekât başlatmıştır. Bu bölgenin nüfusunun büyük bir kısmı Türklerden oluşmasına rağmen, aralarında siyasi bir birlik olmadığı için Müslüman Arapların ilerlemesi kolaylaşmıştır.
Kuteybe, önce Toharistan’daki Türk yöneticisi Nizek Tahran ile bir barış anlaşması imzalamış ve bu bölgeyi kendi yanına almıştır. Sonrasında Aşağı Türkistan’a yönelerek Beykent, Buhara ve Semerkand’ı fethetmiş, 713 yılında Fergana ve Şaş’ı (Taşkent) ele geçirmiştir.
Emevi komutanları, fethettikleri Türk bölgelerinde halka sık sık sert davranmışlardır. Bu tür eylemler zamanla isyanlara sebep olmuştur. Örneğin, zulüm ve baskılara daha fazla dayanamayarak Merv halkı, Haris bin Süreyç önderliğinde bir isyan başlatmıştır. Süreyç, haksızlığa uğrayanları toplayarak Emevi yönetimine karşı başkaldırmıştır. Emevilere mağlup olduktan sonra Türk Hakanı Sulu Çor’a sığınan isyancılar, Emevilere karşı birlikte mücadele etmişlerdir.
Emeviler, son dönemlerinde Araplara karşı başkaldıran Maveraünnehir halkını yatıştırmak için adaletli bir yönetim sergilemeye çalışmışlardır. Bu yaklaşım, bölge insanı üzerinde etkili olmuştur. Ancak o yıllarda Emevilere karşı hızla güçlenen Abbasi hareketinin etkileri, Türkistan coğrafyasına kadar ulaşmıştır. Bu hareket, Emevi yöneticilerinin haksız politikalardan rahatsızlık duyan Türkler arasında da yankı bulmuştur. Hatta Harezm, Soğd, Toharistan ve Taşkentli Türkler Abbasi hareketinin Horasan’daki öncüsü olan Ebu Müslim el-Horasani’nin yanında yer almışlardır.