Sporun, ülke genelindeki değişim ve gelişmelere ayak uydurmasını sağlamak amacıyla, 1986 yılında 3289 sayılı Kanun ile Türkiye’de spor hizmetleri ve faaliyetlerinin yönetiminden sorumlu kılınan Gençlik ve Spor Genel Müdürlüğü, yetki, görev ve yükümlülüklerinin düzenlenmesi ile işlevlerini belirlemiştir. İşte bu görevler:
1. Vatandaşların ve gençlerin fiziksel, moral güç ve yeteneklerini geliştiren beden eğitimi, oyun, jimnastik ve spor etkinliklerini yönetmek,
2. Gençliğin boş zamanlarını değerlendirmesi için gerekli hizmetleri sunmak,
3. Bilgi ve beceri kursları düzenlemek,
4. Gençlerin kötü alışkanlıklardan korunması için gerekli önlemleri almak,
5. Spor federasyonlarının kurulması ve spor dallarının belirlenmesine dair gerekli usulleri düzenlemek,
6. Kulüpleri çeşitli yönlerden denetlemek.
Gençlik ve Spor Genel Müdürlüğü dönemi ile futbol federasyonu, devlet ve siyasi otoriteden bağımsız, özerk bir yapıya kavuşturulmuştur. Ayrıca federasyonlara mali destek sağlayan sponsorluk yasası hazırlanmıştır.
1993 yılında federasyon başkanlarının seçimle iş başına gelmesine dair bir yönetmelik yürürlüğe girmiştir ve ilk seçimler 5 Aralık 1993 tarihinde 5230 delegenin katılımıyla gerçekleştirilmiştir.