Osmanlı ve Japonya arasındaki ilişkiler, XIX. yüzyılın sonlarında Japonya’nın öncülüğüyle başlamıştır. Sultan II. Abdülhamit, Japon İmparatoru Meiji’ye dostluk mesajı ve hediyeleri iletmek üzere 1890 yılında Ertuğrul Fırkateyni’ni Japonya’ya göndermiştir. Ertuğrul Fırkateyni, dönüş yolunda Kushimoto (Kuşimoto) açıklarında batarak 532 denizcinin hayatını kaybetmesine neden olmuştur (Harita 4.13). Japon halkının ve yetkililerinin yaralı denizcilerimize ve şehitlerimizin ailelerine sağladığı yardım ve ilgi, Türk-Japon dostluğunun temelini oluşturmuştur.
Türkiye Cumhuriyeti ile Japonya arasında dostluk ve ilişkilerin güçlendirilmesi amacıyla 1925 yılı Kasım ayında Osaka’da Türk-Japon Ticaret Kurumu kurulmuştur. Türkiye Cumhuriyeti ve Japonya, Tokyo ve İstanbul’da karşılıklı büyükelçilikler açmıştır. Japon Büyükelçiliği’nin 1937 yılında Ankara’ya taşınmasının ardından İstanbul’da bir başkonsolosluk kurulmuştur. Büyükelçiliğin açıldığı tarihte Türk-Japon Dostluk Derneği de oluşturulmuştur. 1929 yılında yaşanan Dünya Ekonomik Buhranı sırasında Türkiye ile Japonya arasında ilk ticaret antlaşması imzalanmıştır. 1930 yılında Türk-Japon Ticaret ve Denizcilik Antlaşması imzalanmıştır. Bu antlaşmaların ardından, Japon Prensi 1931 yılında Cumhurbaşkanı Atatürk tarafından Ankara’da kabul edilmiştir.
II. Dünya Savaşı döneminde, Türkiye savaş dışı kalma çabaları gösterirken, savaşın son aşamasında Yalta Konferansı kararları doğrultusunda savaş sonrası düzen üzerinde söz sahibi olmak amacıyla Mihver Devletleri arasında diplomatik ilişkileri keserek Japonya dahil olmak üzere savaş ilan etmiştir, ancak bu ilan poliitk bir ifade olarak kalmıştır.
II. Dünya Savaşı sonrası, Türkiye ile Japonya arasında 8 Eylül 1951’de San Francisco Barış Antlaşması imzalanmış ve Tokyo’da Türk Başkonsolosluğu açılmıştır. Japonya’nın 1956 yılındaki BM üyeliğinde Türkiye’nin sağlamış olduğu destek büyüktür. 1962 yılında Türk-Japon Parlamento Dostluk Birliği kurulmuştur. İran-Irak Savaşı sırasında 1985 yılında Tahran’da mahsur kalan Japon vatandaşları, Japon hükümetinin yardım talebi üzerine Türk Hava Yolları tarafından Japonya’ya taşınması, Türk-Japon ilişkilerinde önemli bir dönüm noktası olmuştur.
Türkiye ile Japonya arasında köklü ilişkilerin daha da geliştirilmesi ve Türkiye’nin tanıtımına destek vermek amacıyla 2003 yılı Japonya’da Türkiye Yılı, 2010 yılı ise Türkiye’de Japon Yılı olarak kutlanmıştır. 2013 yılında stratejik ortaklık düzeyine yükseltilen siyasi ilişkiler, son zamanlarda karşılıklı üst düzey ziyaretlerle hızla gelişmektedir.